O tamanho da cavidade deciclodextrinaas moléculas podem combinar com as moléculas hóspedes, e os grupos hidroxila nas bordas da cavidade podem formar ligações de hidrogênio com as moléculas hóspedes. A natureza hidrofóbica do interior permite encapsular moléculas lipofílicas. Consequentemente, possui a capacidade de reconhecer e interagir seletivamente com moléculas orgânicas. Foi aplicado com sucesso em vários métodos cromatográficos e eletroforéticos para separar vários isômeros e enantiômeros.
Muitas drogas ou seus precursores têm pelo menos um centro quiral e muitas vezes um enantiômero está ativo enquanto o outro é inativo ou mesmo tóxico. O uso de ciclodextrina ou polímeros de ciclodextrina melhora a tecnologia de separação de enantiômeros, especialmente com ciclodextrina modificada por molécula quiral. Por exemplo, Tang Kuowen et al. utilizado-ciclodextrinapolímero como fase estacionária, polidimetilsiloxano como diluente e cromatografia gasosa para separar isômeros posicionais e isômeros quirais de uma série de compostos aromáticos. Resultados experimentais indicam que esta ciclodextrina apresenta forte capacidade de reconhecimento quiral, demonstrando particularmente capacidades de separação significativas para enantiômeros de alcenos, cetonas, ésteres, etc.
